Сын военнослужащего долгое время воспитывался бабушкой и дедушкой агностиками. Студент физфака, аспирант философского факультета ЛГУ со специализацией на философских вопросах естествознания.

В начале 1980-х участник метагруппы поэтов «Кокон» (Б. Борухов, С. Кекова, С. Надеев, А. Пчелинцев).

В 1992–1993-м главред ленинградского отделения издательства «Советский писатель». Основатель (вместе с Александром Покровским) издательства интеллектуальной литературы «ИНАПРЕСС» (1993). Издал книги поэтов Елены Шварц, Александра Миронова, Олега Чухонцева, Дмитрия Воденникова, Олеси Николаевой, Максима Амелина, Бориса Божнева, Софии Парнок, прозу Бэллы Улановской, Нины Волковой, произведения и статьи Бориса Эйхенбаума, мемуары и статьи Эммы Герштейн, воспоминания и произведения Бориса Кузина, переписку Надежды Мандельштам и т. д. и т. д..

Стипендиат Пушкинской премии фонда Альфреда Тёпфера. Лауреат малой премии имени Аполлона Григорьева за роман «Похороны кузнечика», премий Андрея Белого за книгу стихов «Пилот», Юрия Казакова за рассказ «Аметисты». Входил в шорт-листы премий: Андрея Белого (дважды), Букеровской премии, премии "Антибукер", имени Юрия Казакова, «НОС» (дважды), Александра Пятигорского.

В Балтийском университете им. Э. Канта дважды провоодились Кононовские чтения. Вот совсем крышесносная ссылка на труды достойнейших писателей, филологов: к преизбыточному. Кононовские чтения: исследования, статьи, эссе, диалоги. — СПб.: Алетейя, 2018. — 788 с. убористого текста.

В 2021–2022 году издательство «Пальмира» выпустило собрание из 12 книг его прозы, поэзии и арт-критики.